Vaginosis bakteri tidak sembuh dengan sendirinya dan harus diobati dengan obat-obatan. Jika tidak diobati, vaginosis bakterialis dapat menyebabkan endometritis, penyakit radang panggul dan bahkan infeksi pada tunggul vagina setelah histerektomi. Jika vaginosis bakterial hadir selama kehamilan, hal ini telah dikaitkan dengan hasil kehamilan yang merugikan seperti korioamnionitis, ketuban pecah dini, persalinan prematur, dan endometritis setelah persalinan, sehingga pasien hamil yang bergejala juga harus diobati dengan obat-obatan. Vaginosis bakteri juga memiliki tingkat kekambuhan yang tinggi, dan setelah kekambuhan, penting untuk memilih obat anti-anaerob yang berbeda dari pengobatan pertama, atau untuk memulihkan dan membangun kembali keseimbangan mikro-ekologi vagina dengan Lactobacillus vaginalis.