Vagina dihuni oleh berbagai patogen (termasuk bakteri) yang membentuk mikrobiota vagina normal. Meskipun berbagai bakteri terdapat di dalam vagina, mereka tidak menyebabkan penyakit karena keseimbangan ekologis antara vagina dan flora ini. Lactobacillus, estrogen dan pH vagina memainkan peran penting dalam menjaga keseimbangan ekologi vagina. Saluran reproduksi wanita normal usia subur memiliki mekanisme pertahanan alami. Di bawah pengaruh estrogen, epitel vagina berproliferasi dan kaya akan glikogen, yang dipecah menjadi asam laktat oleh aksi Lactobacillus vaginalis, mempertahankan pH vagina 4-5 dan secara efektif membunuh bakteri patogen atau menghambat reproduksi mereka. Ketika keseimbangan ekologi vagina terganggu atau ketika patogen eksogen menyerang, peradangan dapat terjadi. Penurunan estrogen atau peningkatan pH vagina, seperti sering melakukan hubungan intim atau irigasi vagina, dapat meninggikan vagina, yang tidak kondusif bagi pertumbuhan Lactobacillus. Penggunaan antibiotik yang berkepanjangan untuk menghambat pertumbuhan Lactobacillus dapat memungkinkan bakteri patogen lainnya menjadi dominan dan menyebabkan peradangan.