Gastroskopi umumnya tidak menular, sebelum gastroskopi dilakukan untuk penyakit menular, alat gastroskopi yang digunakan akan menjalani proses desinfeksi khusus. Sebelum melakukan gastroskopi, dokter akan meminta pasien untuk melakukan tes darah untuk menyingkirkan penyakit menular seperti virus hepatitis B, virus hepatitis C, dll., dan untuk menyingkirkan penyakit menular seperti AIDS serta sifilis, dll., dan jika ada orang dengan penyakit ini, gastroskop biasanya akan menjalani proses sterilisasi khusus. Setelah cermin selesai, cermin akan dimasukkan ke dalam ruang sterilisasi khusus untuk disterilkan, dan cermin yang telah disterilkan akan dimasukkan ke dalam troli steril untuk memastikan bahwa satu orang dan satu cermin akan tersedia untuk digunakan oleh pasien yang diperiksa, sehingga sistem sterilisasi ini sangat sempurna, dan biasanya tidak ada fenomena infeksi silang. Instrumen di seluruh pusat endoskopi didesinfeksi melalui sterilisasi yang ketat, penyakit menular disingkirkan sebelum diperiksa, dan instrumen setelah diperiksa dipersiapkan untuk sterilisasi lengkap, sehingga gastroskopi umumnya tidak memiliki fenomena penyakit menular.