Pengobatan farmakologis untuk abses perianal terutama meliputi antibiotik oral, salep anti-infeksi topikal, obat pencahar, dan analgesik. 1. Antibiotik dapat digunakan secara bersamaan, seperti cefixime dan metronidazole. Alergi terhadap dua jenis obat tersebut dilarang, dan metronidazol juga dilarang pada penyakit sistem saraf pusat yang aktif, penyakit darah, dan sebagainya. 2. Salep anti infeksi topikal seperti salep eritromisin dilarang bagi mereka yang alergi terhadap obat tersebut. Biasanya digunakan ketika abses belum terbentuk, tidak perlu digunakan setelah terbentuknya abses. 3. Obat pencahar. Bagi yang mengalami kesulitan buang air besar, dapat mengkonsumsi obat pencahar seperti larutan oral laktulosa, tetapi dilarang untuk hipokalaemia, intoleransi laktosa atau galaktosa, obstruksi saluran cerna. 4. Analgesik. Analgesik seperti celecoxib dapat digunakan jika nyeri lokal sangat parah. Kontraindikasi pada alergi terhadap obat, kehamilan, wanita menyusui, kerusakan hati dan ginjal yang parah, riwayat stroke infark miokard. Penggunaan obat secara spesifik untuk abses perianal harus mengikuti petunjuk dokter.