Penyebab kutil datar di tangan antara lain infeksi virus, daya tahan tubuh yang rendah, infeksi, trauma, dan sebagainya.
1. Infeksi virus: kutil datar disebabkan oleh HPV-3, 5, 8, 9, 10 dan 11 (HPV adalah virus papiloma manusia).
2. Daya tahan tubuh rendah: timbulnya kutil datar dan disfungsi fungsi kekebalan tubuh berhubungan dengan gangguan endokrin, kerja berlebihan, dapat menyebabkan virus berkembang biak dengan cepat, sehingga membentuk kutil datar.
3. Infeksi: sumber kutil datar adalah pasien dan pembawa virus, melalui penyebaran kontak langsung atau tidak langsung, seperti kontak seksual atau penggunaan handuk bekas pasien, dan sebagainya.
4. Trauma: trauma atau kerusakan kulit merupakan faktor penting dalam terjadinya infeksi HPV. HPV memiliki sel epitel skuamosa, melalui selaput lendir kulit yang kecil masuk ke dalam epidermis replikasi sel basal, proliferasi, diferensiasi dan proliferasi sel epitel yang tidak normal, yang menyebabkan terbentuknya kutil pipih.