Jika gejala tidak membaik setelah 72 jam pengobatan awal, atau jika gejala membaik sekali dan kemudian memburuk, pengobatan dianggap tidak efektif dan penyebab umum dan penatalaksanaannya adalah sebagai berikut: 1. Kegagalan obat yang ada saat ini untuk menutupi atau resistensi bakteri, evaluasi dengan hasil kultur dahak di laboratorium, penyesuaian yang bijaksana terhadap obat anti-infeksi dan mengulangi penyelidikan patogenik. 2. Infeksi patogen spesifik seperti Mycobacterium, jamur, Pneumocystis dan infeksi virus atau endemik termasuk SARS dan flu burung. Teknik diagnostik yang mungkin harus digunakan untuk mengklarifikasi diagnosis patogenik dan menyesuaikan pengobatan.3. Komplikasi seperti nanah toraks, lesi migrasi atau adanya faktor host kompromi kekebalan tubuh.4. Jika diagnosis CAP itu sendiri tidak benar, diagnosis harus diverifikasi ulang untuk mengklarifikasi apakah itu disebabkan oleh etiologi lain.