Penyebab paling umum dari penipisan endometrium adalah gangguan endokrin, infeksi dan operasi rahim. Gangguan endokrin meliputi kadar estrogen yang rendah, gangguan ovulasi dan defisiensi hormon pertumbuhan; infeksi rahim akut atau kronis dapat menyebabkan kerusakan lapisan basal endometrium, termasuk infeksi bakteri, tuberkulosis reproduksi, infeksi mikoplasma dan infeksi klamidia.
Operasi klinis yang mempengaruhi endometrium termasuk kuretase, miomektomi histeroskopi, pengangkatan polip endometrium dan miomektomi laparoskopi melalui rongga rahim, yang semuanya dapat merusak endometrium dan menyebabkan penipisan endometrium dan adhesi rongga.