Penyebab penipisan endometrium meliputi faktor sistemik dan lokal, sedangkan faktor sistemik disebabkan oleh gangguan endokrin, seperti kadar estrogen yang rendah.
Faktor lokal terkait dengan kerusakan pada endometrium, seperti aborsi multipel. Malformasi rahim juga bisa menjadi penyebab penipisan endometrium.