Endometrium yang tipis tidak menyebabkan penyakit apa pun, melainkan ada sejumlah penyakit yang menyebabkan endometrium tipis. Penyakit-penyakit utama adalah sebagai berikut: Pertama, karena gangguan endokrin dan estrogen yang tidak mencukupi, endometrium terlalu tipis dan secara klinis dapat terjadi pengurangan menstruasi. Kedua, penipisan endometrium akibat tuberkulosis endometrium. Ketiga, aborsi berulang menyebabkan adhesi dalam rongga rahim, yang dapat menyebabkan penipisan endometrium dan secara klinis mengurangi menstruasi atau amenorea. Keempat, dalam kasus sindrom ovarium polikistik, hal ini juga dapat menyebabkan penipisan endometrium, menstruasi yang sedikit atau amenorea. Selain itu, jika ovarium mengalami kegagalan sebelum waktunya, hal ini juga dapat menyebabkan penipisan endometrium. Jadi bukan penipisan endometrium yang menyebabkan penyakit tertentu, tetapi penipisan endometrium yang disebabkan oleh penyakit tertentu, yang harus diperiksa dan diintervensi sedini mungkin dalam praktik klinis.