Ada perbedaan tertentu antara infeksi virus dan bakteri, dan oleh karena itu, modalitas pengobatannya pun berbeda.
Patogennya berbeda: pada infeksi virus, patogennya adalah virus, sedangkan pada infeksi bakteri, patogennya adalah bakteri.
Hasil darah berbeda: infeksi virus tidak selalu memiliki sel darah putih yang meningkat dan peningkatan persentase limfosit, sedangkan infeksi bakteri umumnya memiliki sel darah putih darah yang meningkat dan peningkatan persentase neutrofil; diagnosis klinis dibuat dengan menguji antigen spesifik virus, antibodi, atau asam nukleat virus, sedangkan infeksi bakteri sebagian besar dapat ditemukan dengan kultur darah.
Pengobatan berbeda: infeksi virus terutama diobati dengan obat antivirus, termasuk analog nukleosida, inhibitor transkriptase terbalik non-nukleosida, protease inhibitor, dll., sedangkan infeksi bakteri terutama diobati dengan obat antibakteri, seperti antibiotik sefalosporin, aminoglikosida, dll.