Vaksin pneumonia 13-valen terutama digunakan untuk mencegah penyakit pneumokokus yang disebabkan oleh 13 serotipe Streptococcus pneumoniae, seperti pneumonia, meningitis, dan otitis media akut. Namun, pneumonia disebabkan oleh berbagai jenis infeksi patogen yang berbeda dan dapat disebabkan oleh bakteri lain, virus, dan patogen spesifik tertentu selain Streptococcus pneumoniae, sehingga vaksin pneumonia 13-valen tidak dapat sepenuhnya mencegah pembentukan pneumonia. Vaksin pneumonia 13-valen tidak mencegah pneumonia, dan beberapa pasien juga dapat mengembangkan pneumonia Streptococcus pneumoniae karena tanggal kedaluwarsa vaksin.