Vaginitis bakteri, bila dikombinasikan dengan kehamilan, dapat berdampak pada janin dan wanita hamil, karena dapat bermanifestasi sebagai keputihan yang meningkat, warna kekuningan, bau, dan gatal-gatal vulva. Dalam kasus janin, terdapat risiko infeksi hulu dan pre-eklampsia, atau embrio dapat berhenti berkembang. Metronidazole dapat digunakan secara vaginal pada saat ini, karena sangat efektif dalam mengobati vaginitis bakterial. Selain itu, metronidazol digunakan secara topikal pada tahap awal kehamilan dan tidak berpengaruh pada janin. Jika vaginitis bakterialis disebabkan pada waktu kehamilan lainnya, metronidazol dapat dioleskan secara topikal. Setelah bulan ketiga kehamilan, juga aman untuk menerapkan metronidazol secara oral.