Herpes faringitis dan HFMD berbagi bagian dari agen penyebab yang sama dan memiliki musim epidemi dan gejala klinis yang serupa, sehingga sering kali mudah tertukar satu sama lain.
Menurut Pedoman Pengobatan Penyakit Tangan, Kaki, dan Mulut edisi 2018.
Pada musim epidemi HFMD, ketika ruam belum muncul di tangan, kaki, dan bokong pada tahap awal herpes faringitis pada anak-anak, perhatian perlu diberikan pada komunikasi dengan orang tua dan pengamatan ruam di tangan, kaki, dan bokong; jika ruam di tangan, kaki, dan bokong tidak pernah terlihat, itu dapat diperlakukan sebagai faringitis herpes dan diagnosis HFMD tidak tepat; dan
setelah herpes khas pada tangan, kaki, dan bokong ditemukan, itu harus diperlakukan sesuai dengan HFMD.
Untuk kasus yang parah dengan ruam atipikal, diagnosis perlu dibuat bersamaan dengan patogenesis atau antibodi serum.