Penyebab utama tinja berdarah pada bayi baru lahir disebabkan oleh beberapa kondisi. Pertama, disebabkan oleh enteritis bakteri. Tinja berdarah dapat terjadi jika anak terinfeksi bakteri invasif seperti E. coli. Dalam hal ini, anak harus segera diberikan pengobatan anti-infeksi dengan sefalosporin. Jika bayi baru lahir menderita hemoroid atau fisura anus, ia mungkin juga mengalami tinja berdarah yang berwarna merah terang dan sangat menyakitkan. Penyebab kedua adalah intususepsi. Jika terjadi intususepsi, tinja berdarah dapat terjadi, yang disebabkan oleh nekrosis usus, dan harus segera didiagnosis dengan ultrasonografi dan CT abdomen.