Kemungkinan infeksi intrauterin mungkin ada setelah infeksi Chlamydia trachomatis pada ibu selama kehamilan. Rute infeksi anak terutama melalui jalan lahir yang terkontaminasi dan bayi baru lahir yang terinfeksi terutama muncul dengan pneumonia neonatal dan keratitis konjungtiva. Oleh karena itu, bayi baru lahir dengan kemungkinan infeksi perlu diberikan pengobatan yang diperlukan sedini mungkin setelah lahir.