Gastroenteritis infeksi adalah suatu kondisi di mana saluran pencernaan terinfeksi oleh mikroorganisme patogen dan tidak hanya menjadi tidak berfungsi, tetapi jaringan saluran pencernaan mengalami kerusakan dan meradang. Sebaliknya, pada flu gastrointestinal, hanya ada disfungsi pada saluran gastrointestinal dan tidak ada lesi parenkim.