Jika jelas bahwa distensi perut bagian bawah disebabkan oleh penyakit Crohn, biasanya diobati dengan obat-obatan.
Fase aktif memerlukan kontrol respon inflamasi dengan aminosalisilat, glukokortikoid, imunosupresan (misalnya azathioprine) dan, dalam kasus infeksi, pengobatan dengan antibiotik. Antibiotik yang umum digunakan adalah nitroimidazol dan kuinolon.
Jika dalam remisi dan gejalanya tidak signifikan, perawatan pemeliharaan dengan obat-obatan seperti azathioprine, mercaptopurine dan infliximab dapat digunakan untuk jangka waktu yang lebih lama.
Hanya beberapa orang dengan komplikasi serius, seperti perkembangan obstruksi usus atau perdarahan berat, yang akan memerlukan perawatan bedah.