Rasa sakit yang diinduksi setelah gastroskopi, jika non-invasif menginduksi kram perut, sebagian besar sekitar beberapa menit hingga satu jam; jika rasa sakit disebabkan oleh melakukan beberapa operasi, kecuali efek dari penyakit perut primer, mungkin diperlukan waktu 1-2 hari untuk pulih, tetapi ada perbedaan individu yang besar. Gastroskopi saja, tanpa patologi atau manipulasi lainnya, tidak mungkin menimbulkan rasa sakit dan sebagian besar pasien tidak akan mengalami rasa sakit. Namun demikian, hal ini dapat menyebabkan iritasi pada mukosa gastrointestinal dan dapat menyebabkan kejang gastrointestinal, khususnya jika hal ini lebih mungkin terjadi di atas kondisi perut primer. Kejang biasanya berlangsung dalam waktu yang relatif singkat, beberapa menit hingga satu jam atau lebih, tetapi bisa kambuh lagi. Jika kejang diinduksi oleh cedera mukosa yang disebabkan oleh prosedur mikroskopis, seperti mengambil biopsi patologis, mungkin berlangsung selama beberapa jam hingga beberapa hari. Ada juga hubungan dengan penyakit yang mendasari perut pasien, seperti kanker lambung, di mana rasa sakit pasien mungkin disebabkan oleh iritasi dan dapat berlangsung selama berhari-hari, sehingga memerlukan pengobatan penyakit utama untuk menghilangkan rasa sakit. Durasi nyeri yang diinduksi secara klinis bervariasi antara gangguan lambung yang mendasari dan apakah disertai dengan operasi, dan ada juga perbedaan individu, tetapi semua perlu ditanggapi secara serius.