Nyeri perut di tengah malam dikaitkan dengan gastritis kronis, ulkus duodenum dan obstruksi pilorus. Gastritis kronis terutama disebabkan oleh kerusakan pada pelindung mukosa lambung dan pelanggaran mukosa lambung oleh asam lambung. Pasien lebih mungkin mengalami rasa sakit di tengah malam karena konsentrasi asam lambung yang lebih tinggi. Pasien dengan ulkus duodenum tidak hanya menderita nyeri lapar, tetapi juga nyeri tengah malam, terutama karena sekresi asam lambung yang berlebihan di tengah malam, yang masuk ke duodenum dalam keadaan intensitas tinggi. Begitu mukosa duodenum disertai ulkus, hal itu menyebabkan kontraksi spasmodik otot polos duodenum dan oleh karena itu menyebabkan rasa sakit. Dalam beberapa kasus, bekas luka akan terletak di pilorus, yang dapat menyebabkan obstruksi pilorus. Apabila terjadi obstruksi pilorus, makanan tidak mengosongkan lambung pada waktunya dan mandek di dalam lambung. Selama malam hari, makanan di dalam perut berfermentasi dengan buruk sehingga menyebabkan lapisan perut melebar secara berlebihan dan akibatnya ada rasa sakit yang samar-samar di dalam perut dan beberapa orang mungkin memuntahkan makanan yang telah mereka telan di siang hari.