Metode utama pengobatan untuk polip dubur saat ini adalah pengobatan, dan pembedahan. Untuk polip dubur yang lebih dekat ke anus dan ukurannya lebih kecil dan tidak mempengaruhi gerakan usus normal, mereka dapat diobati dengan metode pengobatan konservatif. Daerah anus sering dibersihkan dengan lotion kalium permanganat atau saline untuk mempercepat sirkulasi darah di sekitar anus dan membuat polip menyusut secara alami, sambil mengoleskan krim wasir untuk pengobatan. Jika polipnya besar dan telah mempengaruhi pergerakan usus normal, maka perlu diobati dengan operasi pengangkatan. Lubang anus diperbesar dengan menggunakan dilator anus, dan polip akhirnya diangkat dengan cara mengikat akar polip serta memotong suplai darah. Perhatian khusus harus diberikan pada obat anti-inflamasi oral setelah penjahitan untuk mencegah infeksi pada luka.