Penyebab penipisan endometrium antara lain sebagai berikut: i. faktor bawaan, beberapa wanita terlahir dengan endometrium yang tipis; ii. operasi pada rongga rahim, wanita dengan riwayat aborsi dan riwayat operasi pada rongga rahim dapat dengan mudah menyebabkan perlengketan atau kerusakan pada endometrium; iii. TBC endometrium, virus TBC dapat dengan mudah menyerang organ reproduksi, menyebabkan TBC endometrium dan erosi endometrium, yang mengarah pada penipisan secara bertahap; iv. Operasi yang sering dilakukan, bau dari IUD dan berbagai operasi bedah seperti pengangkatan IUD, berulang kali merusak endometrium, yang menyebabkan penipisan secara bertahap. Ini adalah sebagian besar alasan penipisan endometrium.