Penyebab utama batuk pagi hari pada anak-anak antara lain sebagai berikut: pertama, batuk pada anak-anak dengan asma varian batuk, di mana saluran udara sangat sensitif dan udara lebih dingin pada pagi hari yang dingin, yang dapat mengiritasi saluran udara dan menyebabkan batuk pada anak-anak. Gejala kedua disebabkan oleh rinitis pada anak-anak. Rinitis alergi menyebabkan sekresi hidung mengalir balik ke tenggorokan, terutama di pagi hari ketika anak pertama kali bangun tidur, membuat tenggorokan terasa tidak nyaman dan menyebabkan refleks mual dan muntah. Ketiga, batuk berdahak, anak batuk berdahak di malam hari dan di pagi hari.