Refluks gastro-esofagitis terutama bermanifestasi sebagai kerusakan pada mukosa esofagus, dengan mulas, refluks asam, dan nyeri dada sebagai gejala utama. Di masa lalu, faringitis refluks sering dianggap sebagai manifestasi ekstra-esofagus dari refluks gastro-esofagitis, tetapi dalam beberapa tahun terakhir ini sebagian besar dianggap sebagai dua penyakit yang terpisah, tetapi sering terjadi atau muncul dalam kombinasi.