Isolasi HFMD mengharuskan tinggal secara terpisah, bukan di ruang bersama, dalam sebuah keluarga. Jika hal ini tidak memungkinkan, tinggal di rumah atau ruangan yang sama bukanlah isolasi yang efektif. Virus yang menyebabkan HFMD sangat resisten terhadap lingkungan luar dan dapat disebarkan melalui kontaminasi pada tangan atau melalui tetesan pernapasan. Yang membuatnya lebih sulit lagi untuk dicegah adalah, virus dapat menyebar melalui kontaminasi benda-benda tidak langsung. Oleh karena itu, sulit untuk mencapai isolasi yang efektif ketika hidup bersama. Periode isolasi untuk HFMD adalah dari awal penyakit sampai dua minggu setelah timbulnya gejala, setelah itu penularan hampir tidak ada.