Batuk pagi anak terutama disebabkan oleh reaksi peradangan pada sistem pernapasan. Hal ini disebabkan oleh penurunan daya tahan tubuh terhadap patogen seperti virus, bakteri, mikoplasma, klamidia dan riketsia, yang menyerang saluran pernapasan dan menyebabkan kongesti, oedema dan eksudasi sekresi inflamasi dalam jumlah besar dari dinding selaput lendir. Ini mengandung sejumlah besar patogen hidup dan mati, serta produk metabolisme dari reaksi inflamasi dan fragmen jaringan yang terlepas. Karena saraf simpatik tubuh relatif bergairah selama bagian akhir malam, kelenjar-kelenjar sangat disekresikan, mendorong peningkatan sekresi di saluran pernapasan, dan pada saat seseorang bangun di pagi hari, sekresi yang telah terkumpul semalaman dapat mengiritasi saluran pernapasan dan menyebabkan batuk. Hal ini terutama terlihat pada infeksi saluran pernapasan atas akut, bronkitis dan pneumonia.