Hal ini mungkin terjadi, tetapi relatif jarang.
Sebagian besar kutil disebabkan oleh infeksi HPV-6 dan / atau HPV-11, dan pasien dengan subtipe HPV berisiko rendah (yaitu risiko rendah kanker terkait) infeksi jarang mengembangkan kanker anogenital; Namun, sebagian kecil kutil disebabkan oleh infeksi HPV berisiko tinggi (HPV 16 adalah yang paling umum, tetapi bisa juga 18, 31, 33) atau kombinasi infeksi, dan HPV risiko tinggi yang persisten Kondisi ini umumnya terlihat pada pasien yang mengalami imunosupresi (mis. g. sindrom imunodefisiensi yang didapat, pasien transplantasi organ, pasien yang menggunakan obat imunosupresif seperti hormon atau imunosupresan). Selain itu, kondiloma akuminata raksasa berisiko lebih besar menjadi kanker.
Deteksi dini dan pengobatan dini dapat mencegah perkembangan kondiloma akuminatum menjadi kanker anogenital.