Terdapat perbedaan yang jelas antara keduanya dalam hal etiologi, presentasi gejala dan pengobatan.
Anemia megaloblastik disebabkan oleh kekurangan asam folat atau vitamin B12 dalam tubuh. Selain gejala-gejala anemia, sering kali terdapat manifestasi pencernaan seperti kehilangan nafsu makan, nyeri perut, diare, mual, muntah dan munculnya papila lidah yang atrofi, serta gejala-gejala neurologis seperti mati rasa simetris pada anggota tubuh, gaya berjalan yang tidak stabil dan kehilangan penglihatan. Pengobatan umumnya untuk menghilangkan penyebabnya serta menambah kedua zat tersebut.
Penyebab anemia defisiensi besi adalah kurangnya zat besi dalam tubuh. Selain manifestasi anemia, sering kali terdapat manifestasi yang sesuai dengan penyebab utama, seperti menstruasi yang berlebihan pada wanita, tukak lambung, tumor, dll., serta manifestasi defisiensi zat besi, seperti stomatitis, radang lidah, gastritis atrofi kronis, disfagia, rambut rontok yang kering, kuku yang kurang berkilau atau bahkan kuku yang retrorse atau spatulate, lekas marah dan kurang perhatian pada anak-anak, omnivora pada beberapa pasien, dll. Pengobatannya bersifat etiologis dan suplementer. Pengobatannya adalah etiologis serta suplemen zat besi.