Presentasi klinis infeksi sentral dengan enterovirus 71 bervariasi dan tingkat keparahan penyakitnya bervariasi. Manifestasi utama infeksi sentral EV71 adalah meningitis aseptik, ensefalitis batang otak, mikrosefalitis, sindrom mirip polio dan ensefalomielitis, yang sebagian besar terjadi pada anak kecil di bawah usia 5 tahun, dengan insiden tertinggi pada bayi di bawah usia 1 tahun. Penyebab utama kematian adalah kegagalan kardiopulmoner yang sekunder terhadap ensefalitis batang otak, dengan atau tanpa kerusakan pada kulit tangan, kaki, bokong dan mukosa mulut. Manifestasi utama ensefalitis batang otak adalah kelainan fungsional batang otak dorsal dan jaringan saraf yang berdekatan seperti fasikulus vertebra dan otak kecil, yang mungkin termasuk gerakan mata abnormal seperti nistagmus, kelainan pupil, mioklonus (terutama pada tungkai proksimal), ketidakstabilan gaya berjalan dan tremor, ataksia, kelainan saraf kranial (terutama pasangan saraf kranial ke-6 dan ke-7), iritasi meningeal, takikardia, gerakan usus yang abnormal, muntah-muntah, dan lain-lain. hipertensi, disfagia dan kesadaran yang berubah. Muntah, takikardia, hipertensi dan disfagia adalah tanda-tanda penting dari fungsi batang otak yang abnormal. Ensefalitis batang otak diklasifikasikan ke dalam tiga kelas sesuai dengan tingkat keterlibatan neurologis: Kelas I, dengan tremor miokard dan ataksia, meninggalkan gejala sisa neurologis permanen pada 5% anak-anak; Kelas II, dengan tremor miokard dan keterlibatan saraf kranial, meninggalkan gejala sisa pada 20% anak-anak; Kelas III, dengan gagal jantung paru yang cepat, mengakibatkan kematian pada 80% anak-anak, dengan gejala sisa yang parah pada semua orang yang selamat. Kriteria klasifikasi ini memandu diagnosis klinis. Usia muda (17 x 109/L) adalah faktor utama dalam prognosis buruk infeksi EV71 yang melibatkan SSP. Faktor risiko potensial untuk keterlibatan SSP termasuk hipertermia, dengan suhu lebih besar dari 39 ° C yang berlangsung lebih dari 3 hari, sakit kepala, muntah, kelesuan, kejang-kejang, dan hiperglikemia, dengan hipertermia yang berlangsung lebih dari 3 hari menjadi yang paling penting.