Beberapa tes laboratorium untuk pasien HFMD sama dengan tes laboratorium untuk penyakit demam lainnya, terutama tes darah, fungsi hati dan ginjal, enzim jantung dan protein C-reaktif, yang digunakan untuk menilai apakah ada kelainan yang signifikan di area tubuh ini. Jika kelainan terlihat pada salah satu area ini, maka hal ini mengindikasikan adanya gangguan pada salah satu area tersebut. Misalnya, peningkatan yang signifikan dalam glutathione aminotransferase mengindikasikan peradangan hati dan kerusakan yang signifikan pada sel-sel hati; peningkatan yang signifikan dalam profil enzim jantung dan isoenzim kreatin kinase mengindikasikan kerusakan yang terkait dengan otot jantung. Jika jumlah sel darah putih dalam jumlah darah meningkat secara signifikan, mencapai 15 atau 20 unit, ini menunjukkan bahwa HFMD mungkin lebih parah. Jika protein C-reaktif sangat tinggi, tidak hanya di atas 10 unit tetapi mungkin 30 atau 50 unit atau lebih, ini menunjukkan bahwa gejala HFMD seharusnya lebih parah. Adanya peningkatan gula darah juga merupakan kriteria yang menunjukkan penyakit yang parah. Untuk HFMD, Anda juga harus melihat patogennya. Anda dapat memeriksa antibodi terhadap virus Coxsackie tipe 16 dan enterovirus 71. Jika salah satu tes positif, ini menunjukkan jenis virus mana yang bertanggung jawab atas infeksi. Untuk infeksi yang muncul dengan enterovirus 71, ada kemungkinan lebih besar penyakit parah dan komplikasi neurologis.