Ada banyak metode pembedahan yang digunakan di dalam dan luar negeri, tetapi tujuan utamanya adalah untuk merekonstruksi anorektum dan mengembalikan patensi usus sambil memperbaiki kelainan bentuk anus perineum, dengan mempertimbangkan kondisi keluarga (seperti keterjangkauan dan pemikiran tradisional). 1. Anorektoplasti posterior sekali pakai: Anak-anak dengan diagnosis yang jelas mengenai atresia ani rendah, terutama laki-laki, dapat ditentukan dengan bantuan stimulator neuromuskuler untuk menentukan posisi dilator anus eksternal dan melakukan anorektoplasti posterior dengan metode yang sederhana, waktu operasi yang singkat, dan pemulihan yang cepat. 2. Kolostomi fase I: Anak laki-laki yang didiagnosis dengan atresia ani sedang hingga tinggi, terutama mereka yang memiliki diagnosis fistula rektouretra yang jelas atau fistula kompleks yang tidak normal lainnya, harus dioperasi secara bertahap, dan lokasi kolostomi desendens fase I harus dipilih dengan hati-hati. Fistula harus diperbaiki dan anoplasti dilakukan pada waktu yang sama. Elemen utama dari prosedur pena adalah: perbaikan fistula rektouretra, pemindahan rektum buta, penyempitan rektum dorsal, dan rekonstruksi otot-otot dasar panggul. Karena fistula rektouretra jarang terjadi pada bayi perempuan, maka prosedur pena secara khusus mengacu pada rekonstruksi anus laki-laki dalam kaitannya dengan uretra. Prosedur ini rumit dan menuntut secara teknis, dan detail teknis prosedur ini berhubungan langsung dengan penampilan anus dan fungsi buang air besar pasca operasi. 4. Anoplasti sagital posterior (anoplasti ekor): biasanya digunakan pada bayi dengan ujung buta yang tinggi dan fistula yang kompleks, terutama pada bayi dengan riwayat operasi yang gagal yang mengakibatkan retraksi rektum, dan lebih sering pada bayi perempuan, di mana fistula tidak berhubungan dengan uretra, sehingga anoplasti ekor relatif lebih sederhana dibandingkan dengan pena. 5. Anoplasti perineum: Sebagian besar atresia rendah dikaitkan dengan fistula abnormal atau saluran fistula yang muncul sebagai buang air besar ektopik, dan pada pasien seperti itu dan pasien yang mengalami pergeseran anus anterior, anoplasti perineum diindikasikan. 6. Anoplasti perineum ventral gabungan: pasien khusus yang ujung rektumnya yang buta terletak di atas retrofleksi peritoneum tidak dapat menyelesaikan migrasi rektum ke bawah melalui perineum, dan jika perlu memerlukan pembedahan terbuka untuk melonggarkan prosedur tambahan, yang rumit, membutuhkan waktu lama dan merupakan tindakan pembedahan yang besar. 7. Anoplasti perut-sakral gabungan: operasi tidak dapat diselesaikan melalui sakrokokcygeal jika perlu, operasi terbuka diperlukan untuk membantu operasi yang sulit.