Karena diare yang berkepanjangan dan kronis sering dikaitkan dengan malnutrisi dan komplikasi lainnya, kondisi ini kompleks dan memerlukan tindakan pengobatan yang komprehensif. Penyebab diare berkepanjangan secara aktif dicari dan diobati, menghindari penyalahgunaan antibiotik dan ketidakseimbangan flora usus yang membandel. Mencegah dan mengobati dehidrasi dan memperbaiki gangguan keseimbangan elektrolit dan asam basa.
Pemberian makanan diperlukan untuk mendorong perbaikan kerusakan mukosa usus, pemulihan fungsi pankreas dan produksi biosakaridase dalam sel epitel mikrovili, dan dengan demikian pemulihan kesehatan.
Penyesuaian diet: menyusui harus dilanjutkan sejauh mungkin. Jika komplikasinya adalah intoleransi laktosa yang parah, yaitu diare berlanjut tanpa bantuan di bawah menyusui, dianjurkan untuk menangguhkan menyusui dan menggantinya dengan susu formula khusus bebas laktosa, dan kembali ke menyusui ketika diare pulih. Anak-anak yang diberi makan secara artifisial harus menyesuaikan diet mereka untuk memastikan kalori yang cukup.
Diare dapat diperburuk oleh konsumsi makanan yang mengandung disakarida (termasuk sukrosa laktosa dan maltosa) pada anak-anak dengan intoleransi disakarida, di mana intoleransi laktosa adalah yang paling umum. Perhatian harus diberikan untuk mengurangi beban disakarida dalam makanan selama pengobatan, misalnya dengan menggunakan pengganti susu bebas laktosa atau formula de-laktosa.
Pengobatan diare akibat alergi: Jika diare tidak membaik setelah penerapan diet bebas disakarida, kemungkinan alergi makanan (misalnya alergi terhadap susu) harus dipertimbangkan dan makanan yang alergi harus dihindari, atau asam amino bebas atau diet formula protein terhidrolisis dapat digunakan.
Nutrisi intravena: Sejumlah kecil anak yang tidak dapat mentoleransi nutrisi oral dapat diberikan nutrisi hiper intravena. Beralih ke oral setelah membaik.