Pada kasus HFMD yang parah, leukosit dan glukosa darah sering kali meningkat secara nyata, dan dalam beberapa kasus ALT, AST dan cK-MB meningkat. Cairan serebrospinal jernih, dengan tekanan yang meningkat, sel darah putih yang meningkat, protein normal atau sedikit meningkat, serta gula dan klorida normal. Perubahan abnormal dapat dilihat pada MRI kranial, dengan kerusakan batang otak dan materi abu-abu sumsum tulang belakang yang dominan.