Penyebab penipisan endometrium adalah faktor sistemik dan lokal, sedangkan faktor sistemik disebabkan oleh gangguan endokrin, seperti kadar estrogen yang rendah.
Faktor lokal berkaitan dengan kerusakan endometrium, seperti aborsi multipel. Malformasi perkembangan rahim juga dapat menjadi penyebab tipisnya endometrium.