Kolonoskopi elektronik tidak menimbulkan rasa sakit selama pemeriksaan. Ini bukan tes invasif, tetapi kemungkinan akan terasa tidak nyaman saat memasuki anus. Ketidaknyamanan dapat diredakan dengan mengikuti petunjuk dokter dan mengadopsi posisi berbaring yang benar. Namun demikian, sebelum kolonoskopi, kemungkinan anda perlu meminum obat pencahar stimulan, yang bisa menyebabkan sakit perut dan diare yang mungkin tidak bisa ditoleransi dengan mudah oleh sebagian pasien, jadi penting untuk dipersiapkan. Pasien yang gugup sebelum kolonoskopi juga harus diberi pencerahan dengan baik. Obat-obatan penenang seperti diazepam bisa digunakan, yang sangat efektif dalam meredakan kegugupan pasien. Sebelum pemeriksaan, informasikan kepada pasien bahwa kolonoskopi tidak akan sakit dan tidak terlalu menyakitkan dan jangan terlalu khawatir. Jika pasien sedang mengonsumsi obat-obatan tertentu, seperti obat antihipertensi dan obat hipoglikemik, informasikan kepada dokter terlebih dahulu sehingga dokter dapat mengatur waktu untuk meminumnya sesuai kebijaksanaannya. Dianjurkan juga untuk mengukur tekanan darah, gula darah, detak jantung, dan denyut nadi lagi sebelum kolonoskopi, dan aturlah e-kolonoskopi setelah semua nilainya normal.