Penyebab pasti eritema toksik neonatal tidak diketahui, tetapi telah berspekulasi bahwa hal ini mungkin terkait dengan alergi atau makanan, atau mungkin terkait dengan ko-eksistensi mikroorganisme pada kulit, dan baru-baru ini telah disarankan bahwa eritema toksik neonatal mungkin merupakan respons imun terlokalisasi yang terkait dengan pematangan dan perkembangan sistem kekebalan tubuh. Kondisi ini biasanya sembuh secara spontan dalam waktu seminggu atau lebih dan para orang tua tidak perlu terlalu mengkhawatirkannya.