Anak-anak dapat didiagnosis dengan ulkus mulut traumatis dengan kombinasi riwayat penyakit, riwayat trauma mulut, gejala klinis, pemeriksaan fisik dan pemeriksaan patologis. Ulkus mulut traumatis lebih sulit untuk didiagnosis tetapi memiliki signifikansi diagnostik yang kurang, dan gejala biasanya berkurang dengan cepat setelah pengangkatan cedera persisten.
Oleh karena itu, diagnosis ulkus mulut traumatis biasanya melibatkan proses tiga langkah pemeriksaan fisik, pengobatan etiologi dan pemeriksaan patologis.
Diagnosis ulkus mulut traumatis dibuat dengan terlebih dahulu mengidentifikasi apakah pasien telah mengalami episode berulang dari gejala yang sama, kemudian menanyakan apakah pasien telah menjalani operasi pada gigi atau mukosa mulut, dan apakah pasien telah mengkonsumsi makanan yang mengiritasi atau obat-obatan yang tidak diketahui sifatnya. Jika ada, pemeriksaan intra-oral dilakukan untuk mencari iritasi fisik dan kimiawi yang persisten dan menghilangkannya, yaitu mengobati penyebabnya. Jika gejalanya tidak sembuh, patologi lebih lanjut harus dilakukan untuk mengidentifikasi penyebabnya.