Apabila pasien dengan bronkiektasis menunjukkan tanda-tanda infeksi, seperti batuk dan dahak bernanah, mereka sering diobati dengan antibiotik untuk memerangi infeksi. Dalam kasus ringan, antibiotik oral dapat diberikan, tetapi sebagian besar pasien memerlukan antibiotik intravena dari satu atau dua jenis, biasanya quinolones, seperti levofloxacin atau moxifloxacin. Bila dicurigai adanya basil gram negatif, pengobatan antiinflamasi dengan sefalosporin generasi ketiga, seperti ceftazidime dan cefoperazone sulbactam sodium, dan pada beberapa pasien, penisilin semi-sintetik, seperti piperacillin sulbactam, juga diindikasikan. Dalam kasus infeksi Pseudomonas aeruginosa yang dicurigai resistan terhadap obat, kombinasi aminoglikosida, seperti amikasin, juga dapat digunakan untuk mengobati infeksi. Dengan adanya bakteri anaerob, pengobatan anti-infeksi dengan tinidazole atau ornidazole juga dapat digunakan dalam kombinasi. Pilihan antibiotik untuk pasien dengan bronkiektasis biasanya dipandu oleh gejala klinis dan hasil kultur dahak mereka.