Berdasarkan kejadian dan pendekatan bedah, tumor sel pembentuk email perlu dibedakan dari kista keratotik odontogenik dan kista non-keratotik lainnya. Kista non-keratin seperti kista yang mengandung gigi, kista apikal, kista residual, dan kista fisura wajah memiliki karakteristik tertentu dalam hal lokasi, struktur internal, dan presentasi klinis dan tidak sulit untuk dibedakan dari enameloblastoma. Diferensiasi antara enameloblastoma dan keratokista odontogenik merupakan tantangan utama dalam diagnosis banding lesi kistik pada rahang karena kemiripan lokasi, morfologi dan perilaku biologis lesi, dan karena perawatan kista ini berbeda dengan kista non-keratokista lainnya. Enameloblastoma lebih agresif daripada kista keratin, menyebabkan lebih banyak kerusakan pada tulang di sekitarnya daripada kista keratin dan cenderung menyerang jaringan lunak di sekitarnya. Resorpsi akar pada enameloblastoma lebih sering bergerigi atau terpotong, mengakibatkan hilangnya gigi yang berdekatan, sedangkan resorpsi akar pada keratokista lebih sering miring dan lebih jarang mengakibatkan hilangnya gigi yang berdekatan. Tumor sel enamel cenderung berbentuk kistik campuran dan padat, berdinding tebal tidak beraturan, dengan proyeksi papiler atau nodul dinding; kista keratinisasi murni kistik dan berdinding tipis seragam. Septum sering kali terdiri dari jaringan lunak dengan komponen tulang yang kecil dan lebih tebal. Sinyal MR dari bagian kistik enameloplasmoma sebagian besar berupa sinyal T1 panjang dan T2 panjang, terkadang dengan sinyal T1 pendek yang terlihat pada perdarahan intrakapsular; sinyal T2 dari isi kistik kista keratinisasi secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan enameloplasmoma karena kaya akan protein keratin dan kristal kolesterol padat, dan tanda ini dianggap sebagai ciri penting dalam membedakan sifat cairan kistik di antara keduanya. Dinding kista, kompartemen, papila, dan nodul dinding kista pembentuk email meningkat secara signifikan pada pemeriksaan CT atau MR, sedangkan dinding dan kompartemen kista keratotik tidak meningkat.