Mayoritas batuk pagi hari disebabkan oleh faringitis kronis, tetapi juga mempertimbangkan bronkitis kronis, emfisema dan asma sebagai penyebabnya. Ada atau tidak adanya dahak adalah bukti utama untuk membedakan penyebab batuk. Jika hanya ada batuk kering atau muntah kering, amandel tenggorokan dapat diamati untuk hipertrofi, kemacetan, kemerahan dan pembengkakan dan dapat dianggap disebabkan oleh faringitis kronis. Jika ada batuk kronis dan dahak dengan warna berbusa, penyebab batuk di pagi hari harus dipertimbangkan sebagai bronkitis kronis atau emfisema. Adanya gejala sesak napas, batuk dan dahak yang memburuk disertai dengan bicara yang tidak jelas dan sesak napas harus dianggap sebagai asma. Ada juga penyakit kronis umum seperti abses paru-paru dan TBC yang merupakan kontributor utama batuk pagi hari. Biasanya batuk dianggap disebabkan oleh faringitis kronis dalam kehidupan sehari-hari. Dianjurkan agar tes usap tenggorokan dilakukan di klinik untuk melihat apakah agen penyebab penyebab batuk adalah bakteri umum di dalam tubuh atau infeksi bakteri eksogen. Jika itu adalah infeksi bakteri eksogen, bahkan jika batuknya tidak berdahak, itu harus diobati dengan antibiotik yang efektif untuk meredakan gejala batuk.