Apendisitis akut pada bayi baru lahir cenderung berkembang dengan cepat dan jika tidak diobati dapat dengan mudah menyebabkan komplikasi yang mengancam jiwa seperti perforasi usus buntu dan peritonitis difus.
Karena pengobatan konservatif seringkali sulit dikendalikan, hampir semua kasus apendisitis neonatal akut memerlukan pembedahan, dengan ahli bedah memilih apendektomi laparoskopi atau apendektomi terbuka, tergantung pada kondisi anak. Untuk anak-anak yang sulit didiagnosis pra-operasi, dokter bedah dapat melakukan operasi caesar untuk mengklarifikasi diagnosis dan menanganinya sesegera mungkin.