Benjolan kecil pada penis dapat disebabkan oleh kurangnya kebersihan pribadi atau praktik seksual yang tidak aman (misalnya memiliki banyak pasangan pada saat yang sama, tidak menggunakan kondom saat berhubungan seks, dll.) Dan infeksi seperti infeksi jamur, virus papiloma manusia atau virus moluskum kontagiosum menular.
Benjolan kecil pada penis juga dapat diakibatkan oleh gesekan yang sering terjadi, iritasi oleh faktor yang merugikan atau penggunaan obat yang menyebabkan alergi.