Ada tiga penyebab utama penipisan endometrium: 1. Hipofungsi ovarium wanita atau fungsi tiroid yang tidak normal menyebabkan penipisan endometrium, pertumbuhan endometrium wanita tergantung pada dukungan estrogen, jika berbagai gangguan hormonal menyebabkan penurunan kadar estrogen, endometrium wanita tidak dapat menebal dan menjadi lebih tipis. Endometrium rusak atau melekat, menyebabkan endometrium menjadi lebih tipis. Endometrium kehilangan fungsinya dan tidak merespon efek stimulasi estrogen dalam tubuh wanita, sehingga endometrium wanita tidak dapat tumbuh secara normal, sehingga endometrium menjadi lebih tipis. 3. Wanita yang mengonsumsi pil kontrasepsi dalam waktu yang lama, seperti Daimler-35, Eusyn atau progestin, dapat membuat endometrium lebih tipis. Bahan utama pil KB adalah progestin, yang dapat menangkal estrogen dan membuat endometrium wanita lebih tipis.