Antikoagulasi untuk emboli paru tidak dapat membersihkan gumpalan darah; diperlukan terapi trombolitik untuk membersihkan gumpalan darah. Antikoagulasi untuk emboli paru dapat mencegah pasien membentuk gumpalan baru lagi dan dapat mengecilkan gumpalan, tetapi tidak dapat secara langsung melarutkan gumpalan. Obat antikoagulan yang umum digunakan untuk emboli paru termasuk heparin dan warfarin. Pilihan pertama pengobatan untuk emboli paru bukanlah terapi antikoagulan, tetapi terapi trombolitik sesuai dengan jenis emboli paru, bila memenuhi indikasi terapi trombolitik, terapi trombolitik lebih diutamakan. Indikasi utama antikoagulasi adalah emboli paru dengan terapi trombolitik dan emboli paru akut dengan tekanan darah normal dan tidak ada insufisiensi jantung kanan. Terapi antikoagulasi dapat mengkonsolidasikan efek trombolisis dan menghindari kekambuhan emboli. Terapi antikoagulasi biasanya sekitar 6 bulan, dan pembedahan dapat dipilih jika terapi ini tidak efektif. Selama masa antikoagulasi, perhatikan pola makan agar ringan dan mudah dicerna, jangan makan makanan yang pedas, merangsang, berminyak, perhatikan nutrisi yang tepat.