Sebagian besar anak dengan penyakit Kawasaki sembuh total setelah pengobatan dan tidak mempengaruhi kualitas hidup anak. Dalam jangka panjang, anak-anak dengan penyakit Kawasaki tidak akan mengalami kesulitan kognitif atau belajar jika mereka diobati dengan segera dan efektif tanpa komplikasi.