Transplantasi sel punca hematopoietik mungkin merupakan satu-satunya pengobatan yang dapat membasmi leukemia granulositik kronis. HSCT tidak sering digunakan pada leukemia limfositik kronis karena usia pasien dan alasan lainnya. Pengobatan obat untuk leukemia granulositik kronis dan leukemia limfositik kronis lebih efektif dan dapat menyebabkan kelangsungan hidup jangka panjang atau bahkan penyembuhan total untuk beberapa pasien, dengan hasil jangka panjang yang sebanding dengan transplantasi sel punca haematopoietik dan pengobatan dengan umur yang lebih tinggi, dan telah menjadi arus utama pengobatan.
Namun demikian, penting untuk dicatat bahwa HSCT bukanlah pilihan pengobatan lini pertama dan biasanya hanya digunakan untuk pasien yang telah gagal dalam terapi lini pertama, berisiko tinggi, kambuh atau stadium lanjut, dan bahwa HSCT juga dapat menyebabkan komplikasi seperti infeksi, pendarahan dan penolakan.