Penyakit ginjal, diabetes, peradangan dan infeksi saluran kemih dan genital, semuanya dapat menyebabkan air seni berbau busuk. Tubuh memproduksi lebih sedikit urin di malam hari, jadi normal bagi sebagian orang untuk bangun dengan urin kekuningan dan berbau menyengat di pagi hari, tetapi sebagian besar hanya berbau sedikit, tidak terlalu kuat, dan jika berbau menyengat, kemungkinan besar dianggap terkait dengan penyakit.
Peradangan dan infeksi pada sistem saluran kemih dapat menyebabkan perubahan sifat dan bau urin. Jika bau tersebut disebabkan secara patologis, kemungkinan besar akan lebih buruk di pagi hari dan mungkin tidak akan berkurang dengan meningkatkan jumlah air yang dikonsumsi.