Orang yang menderita HFMD mengalami rasa sakit, tetapi rasa sakit ini adalah sakit tenggorokan, bukan ruam yang menyakitkan pada tangan dan kaki. Sakit tenggorokan disebabkan oleh munculnya papula merah dan herpes pada selaput lendir faring dan mulut, yang memecah untuk membentuk bisul-bisul kecil, dan dalam kasus yang parah, bisul-bisul kecil menyatu membentuk bisul besar. Permukaan yang mengalami ulserasi mungkin akan terasa lebih menyakitkan ketika teriritasi oleh air liur atau bahan makanan, yang disebut sakit tenggorokan pada HFMD. Sakit tenggorokan mungkin parah, dan dalam kasus yang parah, anak mungkin tidak dapat makan atau bahkan minum, sehingga energi dan hidrasi hanya dapat diberikan melalui cairan intravena. Sakit tenggorokan pada HFMD tidak berlangsung lama. Sakit tenggorokan ini mungkin semakin memburuk selama tiga atau empat hari pertama, dan kemudian menghilang relatif cepat setelah hari keempat, seringkali dalam satu atau dua hari.