Efek sampingnya adalah kerusakan pada mukosa hidung. Kerusakan yang disebabkan oleh endoskopi hidung terutama bersifat mekanis. Pada sebagian pasien, rongga hidung sangat sempit atau kelainan anatomi rongga hidung lebih jelas dan mukosa hidung dapat terhapus selama pemeriksaan, menyebabkan gejala seperti peradangan dan nyeri pada mukosa hidung.