Keduanya disebabkan oleh patogen yang berbeda. Mycoplasma pneumoniae pneumonia disebabkan oleh infeksi Mycoplasma pneumoniae, sedangkan patogen pneumonia Chlamydia pneumoniae adalah Chlamydia pneumoniae.
Gejala pneumonia Chlamydia jauh lebih ringan, terutama bermanifestasi sebagai demam dan menggigil, batuk kering, sakit tenggorokan dan malaise, sedangkan pneumonia Mycoplasma dapat memiliki batuk paroksismal yang persisten, batuk berdahak dan anak mungkin memiliki gejala yang lebih parah dan bahkan mengancam jiwa.