Penyakit ini sering disebabkan oleh penggunaan jangka panjang antibiotik spektrum luas dalam jumlah besar atau obat kemoterapi, yang mengakibatkan disbiosis flora usus dan perkembangbiakan bakteri Clostridium difficile yang cepat, yang menghasilkan racun yang menyebabkan penyakit ini, terutama pada orang yang mengalami gangguan sistem kekebalan tubuh, seperti orang tua, pasien dengan penyakit parah, kemoterapi, atau setelah operasi besar, yang berisiko lebih tinggi terkena penyakit ini.